ปลายทางของน้ำฝนและน้ำเสียในประเทศไทยที่ทั้งผ่านและไม่ผ่านกระบวนการบำบัดนั้นล้วนแล้วแต่ไหลลงทะเลทั้งสิ้น ซึ่งอาจส่งผลกระทบต่อสัตว์ทะเลและสัตว์หน้าดินได้ และถึงแม้ว่าคุณภาพน้ำที่ถูกปล่อยลงทะเลจะไม่มีปัญหา แต่การที่น้ำจืดไหลลงทะเลมากเกินไปและในเวลาอันรวดเร็ว อาจทำให้สัตว์ทะเลเกิดอาการน็อคน้ำจืดได้ อย่างที่เคยเกิดมาแล้วแถบอ่าวไทยตอนบนเมื่อครั้งเกิดเหตุการณ์น้ำท่วมใหญ่เมื่อปี 2554
การระบายน้ำผ่านท่อระบายน้ำริมชายฝั่งทะเลยังส่งผลให้เกิดการกัดเซาะชายหาดเป็นร่อง เกิดอันตรายต่อการใช้ประโยชน์พื้นที่ชายหาดและริมทะเลหากร่องน้ำนั้นใหญ่และลึก และจะยิ่งส่งผลกระทบหนักมากหากน้ำที่ถูกระบายผ่านท่อมีคุณภาพไม่เหมาะสม นอกจากนี้ยังเป็นอุปสรรคและส่งผลให้มาตรการเติมทรายเพื่อแก้ไขปัญหาการกัดเซาะชายฝั่งนั้นมีประสิทธิภาพน้อยลงอีกด้วย
